Le Japon est un archipel composé de plus de 6.000 îles, sur 3000 km du Nord au Sud, dont les quatre principales sont Hokkaïdo, Honshu, Shikoku et Kyushu. Il dispose d'un vaste espace maritime (ZEE, zone économique exclusive), représentant 12 fois son territoire. A ce titre, la marine japonaise réalise 12% de la pêche mondiale.

Situé dans une zone de forte sismicité entre la plaque eurasiatique et la plaque pacifique, il est soumis au volcanisme (le Fujiyama, point culminant de l'île, est un volcan), aux séismes et aux tsunamis, raz-de-marées provoqués par des séismes sous-marins.