Saint-Bertrand est le siège de l'évêché du Comminges. C'est celui-ci qui a maintenu au cours des siècles la notion même du Comminges en passant de la cité gallo-romaine au comté, même si leurs limites n'ont pas toujours coïncidé (cf.carte). De la vallée d'Aure aux coteaux de Gascogne, de la Barousse au Val d'Aran, l'évêque du Comminges est chez lui, possédant des biens tel un véritable seigneur féodal ; en particulier la terre d'Alan , son château et ses alentours (seigneuries de Saint-Frajou et Cazeneuve). Sur le site même de Saint-Bertrand, il sera toujours seul à diriger, faisant fonction de seigneur temporel. C'est ainsi qu'en l'absence de château -et pour cause- la cathédrale faisait office de forteresse, protégeant la cité et les campagnes voisines : son massif clocher-tour roman ressemble vraiment à un donjon, même si ses hourds supérieurs sont modernes.  
       
    Plusieurs de ses évêques ont marqué de leur empreinte leur passage à Saint- Bertrand et permis la mise en place progressive des monuments actuels.  
  Le premier est l'évêque éponyme Bertrand de l'Isle, personnage clef de l'histoire du Comminges. Seigneur lui-même, petit-fils d'un comte de Toulouse, chanoine de la cathédrale Saint-Etienne de Toulouse, enthousiaste partisan de la réforme grégorienne, il est nommé en 1083 à la tête du siège épiscopal de Lugdunum. Evêque bâtisseur, il va relever la ville de ses ruines. Evêque grégorien , il met en place la réforme, avec les chanoines réguliers, religieux rattachés à la cathédrale, participant à la formation du clergé et à l'évangélisation des villes et des campagnes et rassemblés dans le chapitre . Evêque rassembleur aux " miracles "célèbres (15), il fait repartir l'évêché du Comminges . Son tombeau deviendra le but d'un pèlerinage très suivi.  
   

Un deuxième Bertrand va reprendre le flambeau deux siècles plus tard,: c'est Bertrand de Got (1295-1299). Devenu pape sous le nom de Clément V -le 1er pape d'Avignon- il va prendre 2 décisions capitales pour notre site :

  • il fait rebâtir -en partie- la cathédrale en style gothique méridional, estimant l'église romane trop petite devant l'afflux des pèlerins autant ceux venus pour Saint Bertrand que ceux qui suivaient la voie du Piémont pyrénéen des chemins de Saint-Jacques-de-Compostelle.
  • il " élève " les reliques de Saint Bertrand (canonisé depuis 1222) en les installant dans un reliquaire en hauteur dans l'église le 16 janvier 1309 et officialise le pèlerinage par une bulle. Il crée aussi le jubilé de Saint Bertrand le 2 mai de chaque année.
Rapidement une Confrérie de Saint Bertrand -mélange de laïcs et d'ecclésiastiques- se met en place, même si son statut n'apparaît qu'en 1531.
 
       
    Un troisième acteur participe à l'oeuvre collective : l'évêque Hugues de Castillon (1336-1352) termine la construction gothique et se fait élever une chapelle en style gothique presque flamboyant et un tombeau, superbe témoignage d'art funéraire français du XIV° siècle.
       
    Le cardinal Pierre de Foix (1422-1451) fait élever à son tour le tombeau de Saint-Bertrand dans la nef dans un décor flamboyant, recouvert plus tardivement de peintures naïves  
 

Le dernier grand évêque bâtisseur est l'humaniste Jean de Mauléon (1523-1551) qui fait réaliser une véritable église de bois (fermée) dans l'église de pierre, c'est à dire un choeur composé de 66 stalles réservé aux chanoines, séparé des fidèles par un jubé renaissance au portique richement sculpté comme à Auch et Albi.

De ce siècle datent aussi l'orgue Renaissance et la chaire à prêcher

  
       
   
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