Index du Forum National de SVT Forum National de SVT
Forum des enseignants et techniciens des Sciences de la Vie et de la Terre
 
 FAQFAQ   RechercherRechercher    Groupes d'utilisateursGroupes d'utilisateurs   S'enregistrerS'enregistrer 
 ProfilProfil    Se connecter pour vérifier ses messages privésSe connecter pour vérifier ses messages privés   ConnexionConnexion 

 
 
Logiciel gratuit pour les TS : évolution allélique
Aller à la page 1, 2  Suivante
 
Ce forum est verrouillé, vous ne pouvez pas poster, ni répondre, ni éditer les sujets   Ce sujet est verrouillé, vous ne pouvez pas éditer les messages ou faire de réponses    Index du Forum National de SVT -> Informatique /ExAO/Logiciels/Ressources web/Images/Son
Voir le sujet précédent :: Voir le sujet suivant  
Auteur Message
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Mardi 25 Sept 2007, 21:34    Sujet du message: Logiciel gratuit pour les TS : évolution allélique Répondre en citant

Bonjour à tous,

je mets à la disposition de tous ce petit logiciel gratuit que j'ai écrit pour mes TS.

Il s'agit d'un outil permettant de prédire l'évolution de la fréquence de 2 allèles en fonction des avantages sélectifs conférés par chacun des génotypes possibles.

Contrairement aux apparences, il est en adéquation avec nos programmes.

Avec cet outil on peut par exemple travailler sur les documents concernant la phalène du bouleau, ou la persistance de l'allèle HbS dans certaines régions du globe.

Il ne remplace pas les documents du manuel ... il les complète et permet de mettre les élèves en situation de modélisation (ce sont eux qui choisissent et affectent les paramètres).

Une fiche détaillée décrit le logiciel et donne des pistes concrètes pour une utilisation en TP.

J'espère que vous serez nombreux à l'utiliser et à me faire remonter vos critiques !

Lien :
http://www.ac-nice.fr/svt/productions/fiche.php?numero=52
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
koeuf



Inscrit le: 07 Mai 2004
Messages: 681
Localisation: angoulême

MessagePosté le: Mercredi 26 Sept 2007, 16:39    Sujet du message: Répondre en citant

Je viens de regarder rapidement. Cela reprend les fonctionnalités de "selection naturelle" présent sur le site de limoges, mais en beaucoup plus convivial. Il faudra que je me penche dessus de plus près quand à son utilisation pédago.

Beau boulot !!
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email
Grégory Michnik



Inscrit le: 24 Janv 2003
Messages: 1531
Localisation: Académie de Lille

MessagePosté le: Mercredi 26 Sept 2007, 16:50    Sujet du message: Répondre en citant

Chic! Une variante beaucoup plus agréable du logiciel en Java de Kent Holsinger ( http://darwin.eeb.uconn.edu/simulations/selection.html ) que j'utilisais jusque maintenant.
merci Philippe! Très content
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Visiter le site web du posteur
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Mercredi 26 Sept 2007, 17:24    Sujet du message: Répondre en citant

Et oui, je connaissais aussi l'applet Java, mais elle ne me convenait pas.

C'est un grand classique en programmation (on le donne à faire en bioinformatique en licence de SV).

Mais j'ai peaufiné le produit (fonction d'impression, possibilité de nommer les allèles, suivi des génotypes, informations sur les différentes théories etc ...) afin qu'il colle au mieux à nos attentes.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Jeudi 27 Sept 2007, 8:11    Sujet du message: Répondre en citant

Bon, je télécharge aussi et je regarde, car moi, je n'utilisais pas de logiciel pour ça... Confus

Revenir en haut
Claude FOISSARD
Invité





MessagePosté le: Jeudi 27 Sept 2007, 14:14    Sujet du message: Répondre en citant

Personnellement j'ai un petit problème de limite du programme de TS en relisant ces deux citations
1°) Dans le fichier d'aide de Philippe :
Citation:
III - Exemples d'activités

Ce logiciel a été écrit pour répondre à une demande provenant de collègues enseignant en TS et désirant disposer d'un outil pour travailler sur les modalités de la sélection naturelle.

Extrait du programme :
Les mutations qui confèrent un avantage sélectif aux individus qui en sont porteurs ont une probabilité plus grande de se répandre dans la population.
Des mutations génétiques peuvent se répandre dans la population sans conférer d’avantage sélectif particulier (mutations dites neutres)
.

2°) Dans les docs d'accompagnement du programme de TS
Citation:
Limites (ne sont pas exigibles) :
- Les mécanismes et les effets de la dérive génique.
- Les modèles formels de la génétique des populations
.


Et la troisième citation :
Citation:
Cette partie du programme a un statut particulier et ne peut à elle seule être l’objet d’une question au baccalauréat.


J'ai l'impression qu'on va beaucoup trop loin dans nos cours par rapport à ce qui est réellement exigé de nos élèves.
Revenir en haut
Labaune



Inscrit le: 15 Mars 2005
Messages: 3819
Localisation: Dijon

MessagePosté le: Jeudi 27 Sept 2007, 16:17    Sujet du message: Répondre en citant

Je plussoie ce que vient d'écrire Claude.
Il n'empêche, c'est très intéressant et les exemples que l'on peut donner, le soft proposé par Philippe, ça amène à réfléchir sur la notion d'évolution...
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email Visiter le site web du posteur
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 17:03    Sujet du message: Re: Logiciel gratuit pour les TS : évolution allélique Répondre en citant

Philippe COSENTINO a écrit:

Contrairement aux apparences, il est en adéquation avec nos programmes.

oui, et je vais m'en servir, rapidement, en cours avec le vidéoprojecteur...

Mais voilà... je ne peux le télécharger aujourd'hui sur une clé USB... Triste
Revenir en haut
Eric JOURDAN



Inscrit le: 29 Janv 2004
Messages: 2694
Localisation: Académie de Besançon

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 20:36    Sujet du message: Re: Logiciel gratuit pour les TS : évolution allélique Répondre en citant

Marie-Claude Segui a écrit:
oui, et je vais m'en servir, rapidement, en cours avec le vidéoprojecteur...

Mais voilà... je ne peux le télécharger aujourd'hui sur une clé USB... Triste


Pourquoi ça ?
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email Visiter le site web du posteur
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 20:39    Sujet du message: Répondre en citant

Ben je ne sais pas... Embarassé
Il marche sur l'ordi... puis impossible de le mettre sur la clé... grave message d'erreur...
A-t-il subi un changement..?
il ne fait plus les mêmes ko...
Revenir en haut
Eric JOURDAN



Inscrit le: 29 Janv 2004
Messages: 2694
Localisation: Académie de Besançon

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 20:43    Sujet du message: Répondre en citant

Si j'ai bien suivi, tu as téléchargé le logicierl. Il est sur ton disque dur.
Avec un copier coller sur la clé, ça ne fonctionne pas ?
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email Visiter le site web du posteur
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 20:45    Sujet du message: Répondre en citant

non... Triste
Revenir en haut
Eric JOURDAN



Inscrit le: 29 Janv 2004
Messages: 2694
Localisation: Académie de Besançon

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 20:50    Sujet du message: Répondre en citant

Essai de redémarrer ton ordi (ça permet de résoudre parfois pas mal de problèmes).
Ou essai avec une autre clé USB.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email Visiter le site web du posteur
tony



Inscrit le: 28 Sept 2005
Messages: 140
Localisation: Marne

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 21:42    Sujet du message: Répondre en citant

Il faut copier le dossier entier qui a été installé dans Program files de ton disque dur, sinon le mieux: tu fais l'installation depuis internet!

Tony
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Visiter le site web du posteur
Claude FOISSARD
Invité





MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 22:09    Sujet du message: Répondre en citant

C'est le fichier installer_evolution.exe que tu dois placer sur ta clé USB.
Ensuite, au bahut tu lances ce fichier pour l'installer sur le disque dur d'un ordi.

Si tu veux le faire tourner à partir de ta clé (j'ai essayé et ça marche), il faut alors l'installer sur la clé en lançant le fichier ci-dessus mais au lieu de C:/Program Files tu choisis la lettre de lecteur qui correspond à ta clé dans la boîte de dialogue suivante :
Revenir en haut
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 22:10    Sujet du message: Répondre en citant

Le fichier que tu as téléchargé est un "installeur", un exécutable qui installe sur ton disque dur un dossier (dans program files) qui contient tous les fichiers nécessaires à l'exécution du programme.

Ce dernier peut-être exécuté à partir d'une clé USB, il suffit de copier "tel quel" le dossier "Evolution allélique" présent dans Program files, ou mieux, de l'installer (comme le dit Claude) sur la clé.

Pour ce qui est de l'adéquation ou pas avec nos programmes, les concepts sont certes abstraits, mais l'activité que je fais avec les élèves est d'une simplicité enfantine.

Il suffit : 1) de déterminer quel est le génotype (=> phénotype) le plus avantageux 2) de lui attribuer la plus haute valeur selective (=1) 3) de suivre l'évolution de la fréquence des 2 allèles
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Samedi 17 Nov 2007, 22:14    Sujet du message: Répondre en citant

Citation:
- Les mécanismes et les effets de la dérive génique.


Je ne fais que "constater" aux élèves qu'un allèle peut disparaître ou se fixer du simple fait du hasard.

Citation:
- Les modèles formels de la génétique des populations[/i].


J'utilise le modèle pour suivre l'évolution des allèles. Je n'en explique pas les rouages aux élèves.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Dimanche 18 Nov 2007, 7:20    Sujet du message: Répondre en citant

Philippe COSENTINO a écrit:
Il suffit : 1) de déterminer quel est le génotype (=> phénotype) le plus avantageux 2) de lui attribuer la plus haute valeur selective (=1) 3) de suivre l'évolution de la fréquence des 2 allèles

Oui c'est ce que je comptait faire avec les 2 exemples HbA/HbS et la phalènes... ça prend quelques minutes...

je vais réessayer, mais c'est ce que j'avais fait, l'intaller direct sur ma clé... Triste
Donc je réessaye et j'ai "ce fichier contient des données invalides"! Roulement des yeux
C'est bien le bon qui est en ligne ???
Revenir en haut
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Dimanche 18 Nov 2007, 17:50    Sujet du message: Répondre en citant

Je viens de tester sur plusieurs ordinateurs ... et ça marche.

Le fichier est donc le bon. Tu as du avoir un problème lors du téléchargement.

Je te l'envoie donc par mail.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Dimanche 18 Nov 2007, 18:43    Sujet du message: Répondre en citant

Voilà, bien reçu! bras
Il est sur ma clé... et il marche!
Merci!
Mais j'aimerai comprendre... Confus
Revenir en haut
Eric JOURDAN



Inscrit le: 29 Janv 2004
Messages: 2694
Localisation: Académie de Besançon

MessagePosté le: Dimanche 18 Nov 2007, 18:45    Sujet du message: Répondre en citant

Marie-Claude Segui a écrit:
Mais j'aimerai comprendre... Confus


Oh tu sais, parfois, l'informatique, c'est tellement bizarre, qu'il y a des mystères impossible à résoudre.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé Envoyer un email Visiter le site web du posteur
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Dimanche 18 Nov 2007, 18:48    Sujet du message: Répondre en citant

L'une des causes possibles pour ce message est un téléchargement avorté.

Ca m'est déjà arrivé.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Samedi 24 Nov 2007, 7:27    Sujet du message: Répondre en citant

Voilà, j'ai utilisé le logiciel après l'étude de la Phalène pour définir la sélection naturelle et de la drépanocytose rapidement.

Choix:
A: "allèle dominant" responsable de la couleur noire ou non responsable de la drépanocytose...
Les élèves ont choisi pour chaque génotype une valeur sélective, et on a obtenu l'évolution allélique correspondante.

ça prend 5 minutes et ça illutre bien la sélection naturelle....
Merci!
Revenir en haut
Philippe COSENTINO



Inscrit le: 05 Déc 2002
Messages: 3057
Localisation: Académie de Nice

MessagePosté le: Samedi 24 Nov 2007, 15:43    Sujet du message: Répondre en citant

J'utilise moi aussi ces 2 exemples classiques.

Je pars bien entendu de l'analyse de documents "classiques", le logiciel n'arrive qu'en "fin de TP".

La surprise (pour eux) c'est qu'on arrive à une fréquence d'équilibre (du genre 10%) dans le cas de la drépanocytose.
(pour la phalène c'est sans surprise)

Avec comme morale dans l'histoire qu'un allèle morbide peut persister ...

Et sinon, l'autre module (la dérive génétique), tu l'as utilisé ?

Bon, sans rentrer dans le détail c'est intéressant de montrer aux élèves que dans une population d'effectif modeste (qq centaines d'individus, c'est déjà une bonne population) un allèle finit généralement par s'imposer au bout de quelques dizaines de génération, du simple fait du hasard.

Très important la part du hasard ... enfin je trouve.
Revenir en haut
Voir le profil de l'utilisateur Envoyer un message privé
Marie-Claude Segui
Invité





MessagePosté le: Samedi 24 Nov 2007, 16:22    Sujet du message: Répondre en citant

Philippe COSENTINO a écrit:
Et sinon, l'autre module (la dérive génétique), tu l'as utilisé ?

Non...

Citation:
Bon, sans rentrer dans le détail c'est intéressant de montrer aux élèves que dans une population d'effectif modeste (qq centaines d'individus, c'est déjà une bonne population) un allèle finit généralement par s'imposer au bout de quelques dizaines de génération, du simple fait du hasard.
Très important la part du hasard ... enfin je trouve

Ce que je voulais montrer c'est que le milieu avait une influence sur la fréquence d'un allèle apparu suite à une mutation aléatoire...mais qui était à l'origine d'un phénotype modifiant la survie et (ou) l'aptitude à la reproduction dans ce milieu...
Donc là pas de hasard, mais une évolution orientée par le milieu dans le sens d'une adaptation au milieu...

Pour ce qui est de l'évolution allélique au hasard, cela concerne les mutations neutres... enfin schématiquement...
Revenir en haut
Montrer les messages depuis:   
Ce forum est verrouillé, vous ne pouvez pas poster, ni répondre, ni éditer les sujets   Ce sujet est verrouillé, vous ne pouvez pas éditer les messages ou faire de réponses    Index du Forum National de SVT -> Informatique /ExAO/Logiciels/Ressources web/Images/Son Toutes les heures sont au format GMT + 2 Heures
Aller à la page 1, 2  Suivante
Page 1 sur 2

 
Sauter vers:  
Vous ne pouvez pas poster de nouveaux sujets dans ce forum
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum
Vous ne pouvez pas éditer vos messages dans ce forum
Vous ne pouvez pas supprimer vos messages dans ce forum
Vous ne pouvez pas voter dans les sondages de ce forum


Powered by phpBB © 2001, 2005 phpBB Group
Traduction par : phpBB-fr.com